重庆食品经营许可证有两种办理方式：

一种是线下办理食品经营许可证：
首先第一步是资料受理：到重庆市食品药品监督管理局提交资料
①.食品经营许可申请书；
②.营业执照或者其他主体资格证明文件复印件；
③.与食品经营相适应的主要设备设施布局、操作流程等文件；
④.食品安全自查、从业人员健康管理、进货查验记录、食品安全事故处置等保证食品安全的规章制度。
利用自动售货设备从事食品销售的，申请人还应当提交自动售货设备的产品合格证明、具体放置地点，经营者名称、住所、联系方式、食品经营许可证的公示方法等材料。
申请人委托他人办理食品经营许可申请的，代理人应当提交授权委托书以及代理人的身份证明文件。
然后第二步是场地核查：受理资料以后，执法人员会在20个工作日内对你申请办理食品经营许可证的场地进行现场核查，主要核查硬件设施，是否有必要的设施，包括经营场所、所需的安全设施（灭火器、消毒柜等）、生产设施（冰柜、餐具、柜台等）、三防设施（防蝇、防鼠、防尘）、索证索票（供货商资质、随货通行单）以及相应的制度、还有卫生情况。
最后第三步是领取许可证：如果你前两步顺利通过，就等食品药品监督管理局的工作人员通知你领取许可证；如果你前两步有其中的一步不符合，工作人员会告知你那些不符合，你按照要求改进就可以了，改正合格以后，就可以等待食品药品监督管理局的工作人员通知你领取许可证。

另一种是线上办理食品经营许可证：
办理具体流程如下：
1、线上申请
申请人可先通过“重庆食品药品监督管理局网上填报平台”进行网上填报
2、提交纸质申请材料
网上申请符合要求后，可在有关食品药品监督管理部门提交纸质申请材料。
3、审核通过领证
有关食品药品监督管理部门应当自受理申请之日起20个工作日内作出是否准予行政许可的决定。